The definition of multilocus haplotype blocks and common diseases

Item Type:	Thesis
Title:	The definition of multilocus haplotype blocks and common diseases
Creators Name:	Nothnagel, M.
Abstract:	Current approaches to haplotype block definition target either absent recombination events or the efficient description of genomic variation. This thesis aims to define blocks of single nucleotide polymorphisms (SNP) as areas of elevated linkage disequilibrium (LD). To this end, a new entropy-based measure for LD between multiple markers/loci, the Normalized Entropy Difference, is developed and is characterized as a multilocus extension of the pairwise measure r2. A corresponding algorithm for the block definition is proposed. Its evaluation on a data set of human chromosome 12 from the International Haplotype Map project proves the usefulness of the derived blocks with respect to several features, including their chromosomal coverage and the number and portion of common block haplotypes. The critical role of the SNP density for detectable LD and block structure is demonstrated. The success of association studies in common diseases with block haplotypes serving as multi-allelic markers will depend on whether the Common Variants/Common Diseases (CV/CD) hypothesis holds true for those diseases. [Bisherige Methoden der Haplotyp-Block-Definition zielen entweder auf abwesende Rekombinationsereignisse oder eine effiziente Beschreibung genomischer Variation. Die vorliegende Arbeit definiert Bloecke von Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) als Gebiete erhoehten Kopplungsungleichgewichtes (LD). Fuer dieses Ziel wird ein neues, entropie-basiertes Mass fuer LD zwischen multiplen Markern/Loci (Normalized Entropy Difference) entwickelt und als eine Multilocus-Erweiterung des paarweisen Masses r2 charakterisiert. Ein zugehoeriger Algorithmus fuer die Block-Definition wird vorgeschlagen. Seine Evaluierung an einem Datensatz des menschlichen Chromosoms 12 vom Internationalen Haplotype Map Projekt zeigt die Nuetzlichkeit der abgeleiteten Bloecke in Hinblick auf verschiedene Eigenschaften, einschliesslich ihrer chromosomalen Coverage und der Anzahl sowie des Anteils der haeufigen Block-Haplotypen. Der wesentliche Einfluss der SNP-Dichte auf die zu entdeckenden LD- und Blockstrukturen wird demonstriert. Der Erfolg von Assoziationsstudien in komplexen Erkrankungen mit Block-Haplotypen als multiallelischen Markern wird davon abhaengen, ob die Common Variants/Common Diseases (CV/CD) Hypothese fuer solche Erkrankungen erfuellt ist.]
Keywords:	Multilocus linkage disequilibrium, Multilocus-Kopplungsungleichgewicht, Haplotype blocks, Haplotyp-Bloecke, Common diseases, Komplexe Erkrankungen, Single nucleotide polymorphisms
Publisher:	Humboldt-Universitaet zu Berlin
Number of Pages:	106
Date:	6 January 2005
Official Publication:	http://edoc.hu-berlin.de/docviews/abstract.php?lang=ger&id=25209

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